Dla zapewnienia pełnego bezpieczeństwa sanitarnego całość wyposażenia gabinetu poddawana jest dezynfekcji i sterylizacji. Sterylizacja ma na celu zniszczenie wszystkich, zarówno wegetatywnych, jak i przetrwalnikowych form mikroorganizmów, podlegają jej wszystkie narzędzia i przybory. Urządzeniem służącym do sterylizacji narzędzi i materiałów jest autoklaw TAUCLAVE. Zapewnia on, iż wysterylizowany materiał jest jałowy i nie zawiera żadnych żywych drobnoustrojów oraz ich form przetrwalnikowych. Sterylizacja narzędzi przebiega etapowo i tak narzędzia zabiegowe i chirurgiczne zostają po użyciu poddane dezynfekcji w specjalnie przeznaczonych do tego płynach, następnie myte w myjkach ultradźwiękowych, pakietowane i poddane sterylizacji w autoklawie.
Każdy proces sterylizacji jest kontrolowany i dokumentowany za pomocą specjalnych wskaźników, a nadzór nad skutecznością sterylizacji sprawuje Stacja Sanitarno-Epidemiologiczną w Gdańsku. Przed przyjęciem każdego pacjenta, gabinet zostaje poddany specjalistycznej dezynfekcji w trakcie, której odkaża się zarówno sprzęt stomatologiczny jak i meble.